派遣元では、賃金比較ツールで基準よりも少ない場合に、四苦八苦されていると思われます。以下について、チェックしてみてください。

1.所定労働時間は適切か。
　②で算出した方が通常は高くなって有利です。また②のほうが実態になります。
①月給×12月÷52週÷週所定労働時間
②月給×12月÷1年間の労働時間数（今年4月から）

2.地域調整は適切か。
　例えば東京都港区ならば、東京都にした方が低くなるかと思われます。

3.職種の選択は適切か。
　小分類でなく、中分類を選んだ方が低くなることもあります。

4.能力•経験調整指数は適切か。
　年数を下げるか。もちろん従業員さんへの説明が必要です。納得を得ることができれば調整することになります。

厚生労働省で出している労使協定第3条（3）で「就業地」という言葉を使っています。ご存知のように正しくは、「雇用保険の適用事業所もしくはそれに準ずる事業所」が正しいはずです。「就業地」は正しくないと労働局は説明しているのに。ある労働局から厚生労働省に訂正するように言っていただくことになっています。

労使協定だけでなく、新書類についてのフォームを宮城労働局では作成されています。関東と東北では唯一のようです。ご参考に。

https://jsite.mhlw.go.jp/miyagi-roudoukyoku/1/120/122/12272.html

労使協定方式を選んでいる会社様はいろいろと準備を進めているところと思われます。以下が今後のスケジュールになるのではないでしょうか。
2月中　労使協定完成、派遣先との派遣料金に関する打ち合わせ
3月中旬まで　協定及び評価基準等の従業員への説明検討、個別契約書、通知書等新書類の作成
3月末まで　労使協定締結、個別契約書締結
厚生労働省や労働局でも解釈が変更されています。ホームページは欠かさず見ていることをお勧めします。

基本給や手当の見直しが必要です。
基本給には、能力、今までのキャリア、年齢、家族構成などいくつかの要素が含まれており、ほかにも採用当時の賃金状況なども考慮されていることもあります。
パート従業員に正社員との違いを説明し、理解してもらうのに、特に基本給がとてもわかりずらくなっているのが現状と思われます。
ただし、現実として、基本給の賃金テーブルを変更することが難しいのならば、新しい手当を作り、なるべく基本給から分離して、わかりやすくしていく必要があると思われます。

パートや契約社員から

「正社員と給料が同じになるのか」
「あの正社員より私のほうがキャリアも長いし、業務について詳しいのだから給与が多いべきだ」
「賞与がいくら払われるのか」
などの声が聞こえてきているようです。
管理側は、言われる前に賃金や手当、評価基準などの見直し、整備が必要と思われます。
中小企業は、1年半ありますが、時間がないという声もあります。

想定される問題点として、

1、パートに賞与を払うようになると、103万円の壁によって、休みが多くなる。

2、パートとの違いが少なくなることによって、責任が軽いパート契約を希望する正社員が増えることもあり得る。

家族手当、住宅手当、通勤手当などは、職種が異なったとしても正社員に支給している場合は、パートや契約社員に支給する必要があると考えられます。

労使協定方式を選んだ場合、国が示した基準に、固定残業手当を手当てに単純に足して計算していいのか。この疑問については、来週に厚生労働省のＨＰに発表されるとのことです。

派遣事業者が、労使協定方式を選択した場合の賃金水準が発表されました。概要や能力・経験指数調整と地域指数調整などの記載があります。

https://www.mhlw.go.jp/stf/seisakunitsuite/bunya/0000077386_00001.html

派遣料金の見直しなど派遣先との調整を進めていく準備をそろそろ考えていくことが必要なようです。